どうもGCCのバージョンによって、エラーの出力フォーマットが異なるらしい。
そのため最新のGCCを使っているとflymakeでの出力がすべてエラーとして表示されてしまっていて見にくい。
適当なところに、次の設定を書いとけばOK。
GCC4.6にて確認。
(setq flymake-err-line-patterns (cons '("\\(.+\\):\\([0-9]+\\):\\([0-9]+\\): \\(.+\\)" 1 2 3 4) flymake-err-line-patterns))
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